崩坏3的挑战任务主要分布在游戏内的多个模块中，包括活动关卡、主线剧情、开放世界以及特定玩法界面。这些任务通常以限时活动或常驻内容的形式出现，玩家需要结合当前游戏周期和活动安排选择参与。挑战任务的核心目的是提供高难度战斗或特殊机制考验，完成后可获得水晶、圣痕、武器等奖励。
主线剧情章节里，部分关卡会附带挑战任务，例如木牌挑战或侵蚀带挑战。木牌挑战通常隐藏在地图角落，靠近交互后触发特定条件，如引爆炸药桶、无伤通关或击杀指定敌人。侵蚀带挑战则需在26章主线大地图中完成12次虚数侵蚀带战斗，任务进度会累计结算。这两种挑战的入口与主线关卡绑定，需先解锁对应章节才能参与。
开放世界玩法的挑战任务集中在樱色轮回和天命总部等区域。例如巫女挑战任务要求玩家接取特定驱魔委托、采集材料或使用逆神巫女完成战斗。这类任务需通过开放世界界面的出击-活动选项进入，部分任务需角色达到一定冒险等级或解锁关键道具，如苗刀·电魂或地藏御魂。
挑战之路和强敌挑战是独立的高难度玩法，位于出击-活动分类下。挑战之路分为多个阶段，每阶段包含普通关和BOSS关，需合理分配女武神次数和装备。强敌挑战则引入侵蚀度机制，要求玩家规避攻击以降低侵蚀值。这两种玩法需注意关卡特性，如爆发状态加成、背刺增伤等，建议提前查看攻略优化阵容。